En 1536 las autoridades españolas localizadas en Guatemala necesitaban un lugar seguro y de fácil acceso para el embarco y desembarco de mercadería entre España y los puntos claves de Centroamérica. Fue por eso que estos salieron en busca de un lugar seguro, el cual lo encontraron en Omoa. Fue así como en 1752, fue fundado el puerto de Omoa bajo el nombre de Camoa, nombre que le duró al municipio hasta 1795, cuando se le dio el nombre actual.

Luego de su fundación, Omoa se convirtió en un puerto no solamente seguro y de fácil acceso, pero también un puerto muy importante por mucho tiempo. Sin embargo, esa importancia se fue perdiendo por un par de razones: La destrucción del municipio en un par de oportunidades por incendios, y fina

lmente la construcción de Puerto Cortés o Puerto Caballos como era llamada en tiempos coloniales, al este y muy cercano a Omoa. Esto último, terminó por sellar la suerte de Omoa, convirtiéndolo en un pequeño poblado de atracción meramente turístico o de pescadores.