Puerto Cortés fue fundado en 1524 con el nombre de Puerto Caballos por el capitán español Gil González Dávila, quien con 4 buques 300 hombres y 50 caballos llegó al poblado indígena denominado Chivana. Sitio al que bautizó con el referido nombre, pues al momento de aproximarse a la costa se desato una tormenta y perdió 17 caballos.

La historia demuestra que Puerto Cortés no tenia gran importancia para los españoles por su condición pantanosa. En cambio Omoa era el puerto para comerciar durante la colonia.  La fortaleza de San Fernando es la estructura arquitectónica que da fe de la importancia de Omoa en aquel momento.

La actual economía del puerto gira en torno a las actividades relacionadas con la Empresa Nacional Portuaria, ENP. Esta institución descentralizada del Gobierno se creó mediante decreto el 14 de octubre de 1965. En 2008 el gobierno de los Estados Unidos certifico

Como ciudad,  Puerto Cortés se ha convertido en una de las principales terminales marítimas del Caribe Centroamericano. Ha desarrollado una infraestructura vial acorde con el crecimiento de su actividad económica y es una de las ciudades insignes de Honduras, no solo por su actividad portuaria, también su historia, comercio y turismo le han valido el puesto como uno de los sitios más visitados del país.